Triều đại nhiếp chính của Yoshitoki rất yên bình và không có biến cố gì cho đến những năm cuối trong thời kỳ nhiếp chính của ông. Ông được trợ giúp bởi chị của mình là "nữ tu-tướng quân" Masako. Năm 1208, quan chấp chính Yoshitoki phái Masako đến Kyoto để xin Pháp hoàng Go-Toba chấp thuận một trong những người con trai của ông là Thân vương Nagahito trở thành người thừa kế chức vị Chinh di Đại Tướng quân vì Sanetomo không có con nối dõi nhưng đã bị Pháp hoàng thẳng thừng từ chối.

Năm 1219, bi kịch ập đến với Mạc phủ Kamakura khi Tướng quân Sanetomo bị cháu trai của mình là một trong số những người con trai còn sống sót của Yoriie ám sát, người này sau đó đã bị quân đội gia tộc Hōjō bắt giữ và bị đem đi xử tử. Điều này chính thức dẫn tới việc dòng họ Minamoto không còn bất kỳ ai có thể thừa tự nữa. Cùng năm đó, shikken Yoshitoki đã chọn một người trong họ hàng xa với nhà Minamot là Kujō Yoritsune thuộc gia tộc Kujō, đồng thời cũng là họ hàng xa với gia tộc Fujiwara. Thế là sau đó Yoritsune đã được chỉ định làm Tướng quân mới cho Mạc phủ Kamakura nhưng Yoshitoki vẫn giữ chức shikken (quan chấp chính) của Mạc phủ.

Năm 1221, Pháp hoàng Go-Toba nổi dậy chống lại chính quyền Mạc phủ nhằm khôi phục lại quyền hành cho Thiên hoàng, sự kiện này gọi là loạn Jōkyū. Pháp hoàng đã tuyên bố quan chấp chính Yoshitoki là một tên phản thần và muốn hắn ta phải bị hành hình. Kyoto lúc này đã bị tràn ngập trong nội loạn, Yoshitoki cùng với con trai là Hōjō Yasutoki và cũng là người thừa kế của ông đã dẫn quân tấn công để đánh chiếm lại kinh đô Kyoto.[1] Với sự trợ giúp của Masako thì quân đội Mạc phủ đã có thể dễ dàng đánh bại đội quân ô hợp của Pháp hoàng và Yasutoki cũng dễ dàng chiếm lại thành công được kinh đô Kyoto. Kết quả là Pháp hoàng Go-Toba bị buộc lưu đày đến quần đảo Oki đến hết phần đời còn lại của ông.

Tuy nhiên vào năm 1224 thì Hōjō Yoshitoki lại đột ngột qua đời vì bệnh tật , hưởng thọ khoảng 61 tuổi. Ông đã được kế thừa bởi con trai cả của mình là Hōjō Yasutoki với tư cách là quan chấp chính (shikken) đời thứ ba của Mạc phủ Kamakura. Chị gái của Yoshitoki là Masako tuy sống sau ông được thêm một năm nhưng rồi cũng qua đời vào năm 1225, bà hưởng thọ khoảng 69 tuổi.